Для размещения морского вооружения Ту-16Т имели измененный грузоотсек. Они могли нести две реактивные авиационные торпеды РАТ-52, шесть высотных торпед 45-54ВТ (или низковысотных 45-56НТ), две глубинные бомбы ВБ-2Ф. 12 авиационных донных мин АМД-4-500 или четыре мины АМД-4-10ОО. В грузоотсеке также могли подвешиваться реактивно-всплывающие мины РМ-1 и РМ-2. универсальные донные мины УДМ, донные мины МДМ-3, МДМ-4, МДМ-5, «Серпей», якорные мины «Лира», мины типа АМД-2М, ИГД-М, «Десна», учебные мины-бомбы УПАМБ-100/80. торпеды

45-36МАВ. Общий вес морских видов вооружения достигал 8,7 т. Кроме того, Ту- 16Т мог брать полный комплект вооружения обычного бомбардировщика - до 9 т. Внешне Ту-16Т от бомбардировщика Ту-16 отличался лишь несколько иной конструкцией створок грузоотсека.

Постановщики мин. Некоторые модификации Ту-16, в частности, Ту-16СПС, Ту-16 «Елка», Ту-16Р в процессе эксплуатации в Авиации ВМФ переоборудовались в постановщики мин. При этом кабина оператора в грузоотсеке не снималась, что давало возможность произвести обратное переоборудование. Несколько Ту-16 из состава Краснознаменного Черноморского флота (ЧФ) в начале 70-х гг. доработали путем снятия аппаратуры . СПС. СРС, АСО-16. фотооборудования и установки в грузоотсеке кассетных держателей КДЗ-416 и КД4-316. Переоборудованные самолеты допускали подвеску следующих вариантов минного вооружения: АМД-500М -6шт..ИГДМ-500- 12 шт., УДМ-500 - 12 шт., ИГДМ - 4 шт., АМД-2М -4 шт., «Лира» - 4 шт., «Серпей» - 4 шт.. АПМ - 4 шт., РМ-1 - 4 шт. и УДМ-2 - 4 шт.